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人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
身为人类的海昕和夏凡，因为一次偶然的机会，得到了梦寐以求的魔法能量。并在魔仙希雅的同意下，成为了小魔仙，和希雅一起守护人类世界和魔法海洋。她们在帮助希雅调查污染魔法海洋的海兽时，结识了海萤堡的海达王子及其他一众魔仙。众人在寻求真相的路上遇到了很多困难，但大家团结一致，共同努力，一起渡过了重重难关。
故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。
由于人族的贪婪，其他种族在一次次的混战中逐渐隐匿了痕迹的故事。在这场混战中，水中界被纳入地上界的版图，而除了精灵族之外，其他种族在地上界仍然有活动，但隐藏了真实身份，仅在人类中留下了传说和教会的宣传口号。这部作品通过描绘不同种族之间的互动和冲突，展现了复杂多变的世界观和丰富的角色设定。而人类少女伊琳误打误撞将困于陨石里的精灵拉法尔解救出来，并帮助他寻找精灵的“叛徒”希尔弗。一路上，他们先后结识了队友盖尔、娜娜，经历了许多惊心动魄的冒险，也三番五次地与各种势力交战。但在偶遇希尔弗的那一刻起，拉法尔觉得自己似乎看见了不同寻常的真相，也揭开了一个隐藏上百年的阴谋。
渡劫期大修士陈凡陨落在天劫中，却一梦五百年重回地球的年少时代。回到地球时代的陈凡，决定踏踏实实重新学习，扎实根基，同时弥补之前的遗憾，帮助前世忘年交治好顽疾，并帮助同学渡过难关成功考学，最后找回自己的伙伴一起成长的故事。
