第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
2261年，沃伦人加入了暗影战争，但当沃伦人开始摧毁他们认为受到暗影“影响”的整颗星球时，他们的策略引起了联盟的担忧。巴比伦5号对此感到不安，于是招募了其他几个强大而古老的种族（即“先民”）加入他们的阵营，共同对抗暗影和沃伦人。约翰·谢里丹上尉逃离扎哈杜姆后返回空间站，但他付出了代价：除非生病或受伤，否则他只剩下20年的生命。陪伴他的是一位名叫洛瑞恩的神秘外星人，洛瑞恩自称是银河系中最古老的智慧生物。
