该剧主要讲述了日朝“壬辰倭乱”发生前至李舜臣将军到露梁海战战死后的故事。
年代战争题材 这个戏写的是白洋淀雁翎队的故事，大家知道的《小兵张嘎》说的就是那里的事儿，不过《水上游击队》的主人公是游击队的队长魏光明和副队长丁水妹，嘎子在里面晃了一眼，只是一个很小的配角，按照现代的人性观念，我觉得让一个小孩子去打打杀杀是不太人道的。真实的战争是残酷的、枯燥的、恐惧的、混乱的，肯定不像文艺作品中那么曲折离奇、悬念迭出、激动人心。为了让戏好看，正邪双方的力量和对抗都加强了很多，而且，本剧中的各方都足够聪明，因而对杀起来就更加扑朔迷离、惨烈异常，看过剧本的同志评价，这个戏的节奏和对抗性都很“美剧”。另外，在创作剧本的时候还保留了一点私心，尽可能地还原历史的大背景，比如并没有刻意丑化日军，对于我军“平型关大捷”、“百团大战”尽量去除水分，做客观描述，对国军在抗战中的贡献有所交代，还特意安排了一个前国军的营长参加雁翎队，做教官。
麦是一位即将成为医生的医科学生，却发现自己被前大学万人迷、工程学大四学生农追求。
1946年6月26日，蒋介石（马晓伟 饰）撕毁停战协定，在中原地区围剿我军李先念（徐平 饰）部，内战全面爆发。战争开始一年内，我军基本处于战略防御，在毛主席（唐国强 饰）战略决策下，粉碎了蒋军对我山东根据地与陕北延安的重点进攻。从1948年到1949年，先后进行了辽沈、平津、淮海三大战役，解放了长江以北的广大地区，歼灭了国民党军的主力。蒋介石于1949年初下野后，代总统李宗仁要求国共举行和谈，4月21日，和谈破裂，毛泽东、朱德（王伍福 饰）发布了向全国进军的命令，随后发起了渡江战役，解放了南京，国民党统治了二十二年的历史宣告结束。1949年9月，新政协在北京成立，新中国即将诞生……
