在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
九一八事变爆发后，留学日本的青年沈云回国效力，却遭遇沈家被日本人竹上灭门的惨剧，而沈云也被日本人陷害入狱，死期不远。为了复仇，沈云假死逃过一劫，忍痛和初恋吴楚琳分手，并改名华明翰，加入中统，与救命恩人兰亭舒扮演假夫妻、收养十岁女孩晶晶后去往上海执行潜伏任务。七年后，华明翰表面上是上海租界巡捕房的总探长，实则是让日本人闻风丧胆的“冰锋”，他带领华兴社成员周旋于波诡云谲的局势中，粉碎了日本人在华的重重阴谋。与此同时，朝夕相处的兰亭舒爱上了华明翰，而华明翰心中却只有吴楚琳。然而，当吴楚琳再次出现认出他就是昔日恋人沈云时，为了大义，他只能再一次推开吴楚琳。直到吴楚琳被日本人炸死，他才知道她就是一直报道冰锋事迹的记者曙光。祸不单行，养女晶晶和兰亭舒先后在抗日行动中牺牲，华明翰亦得知兰亭舒的真实身份是共产党，对国民党彻底心死的他毅然退出中统，带领华兴社加入新四军，开始了新的抗日征程。
第二季中，艾尔维拉·克兰西（Elvira Clancy）饱受挚爱父亲去世的痛苦折磨。她再次寻求杀戮的慰藉，却被镇上一位神秘的新凶手抢先一步。当地警官罗斯警探怀疑维拉犯下了这起谋杀案，但实际上她并没有犯下这起谋杀案。艾薇拉决心亲自破案，并结识一位潜在的“知音”
