2100年，地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。.. 为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号。在宇宙探索过程中，他们还发现了外星精灵，这些精灵们成为了赛尔机器人探寻新能源的重要帮手和伙伴。而以宇宙海盗欧比组织为首的邪恶势力正在肆意掠夺宇宙资源，为了挫败他们的阴谋，英勇的赛尔们和正义的精灵伙伴们一起为守护宇宙和平而战……
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故事发生在明朝末年，倭寇入侵，围棋界也遭受了前所未有的撼动和打击，代表着正义的围棋精神和代表着邪恶的围棋精神激烈交锋，平静的表象之下弥漫着浓烈的硝烟。江流儿（徐刚 配音）被父亲寄养在凌云寺，在那里，江流儿展现出了杰出的围棋天赋，受到了老和尚圆德（王肖兵 配音）的赏识。江流儿的父亲江灵运身为朝廷官员，在调查妖刀王（袁国庆 配音）通寇一案时发现了其中的蹊跷，随后被暗杀，江流儿成为了孤儿。在圆德和尚的鼓励之下，江流儿正式走入了围棋界，决心参加界内最权威的比赛——围棋国手大赛。然而，单纯善良的江流儿不谙世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋坛中的一颗炸弹，散发出了无穷的破坏力。
这里是空中漂浮着众多岛屿的空之世界。在信奉神秘的岛屿“赛克汀瑟”上生活的少年格兰，以及会说话的羽蜥碧，某天，遇见了谜之美少女——露莉亚。露莉亚，是从企图以强大的军事力量支配这个空之世界的军事国家艾尔斯提帝国那里逃来的。格兰与露莉亚为了逃离帝国，带着格兰的父亲留下的写有“在星之岛伊斯塔鲁西亚等着”的书信，展开了前往壮大天空的旅程。格兰，在赛克汀瑟岛和羽蜥碧一起生活的少年。以失踪了的父亲留下的书信写着的“星之岛，伊斯塔鲁西亚”为目标，平时总是日不间断地锻炼，爱向有困难的人伸出温暖的援手。以跟露莉亚的相遇为契机，离开故乡踏上旅途。露莉亚，拥有驾驭星晶兽的能力的少女。被试图研究这种特殊能力的艾尔斯提帝国幽禁起来。从帝国逃脱过程中被格兰所搭救，和他一起踏上旅途。碧，从格林小时候开始就伴随其左右一起生活，如同搭档般的存在。喜欢吃苹果。讨厌被别人当作蜥蜴和小动物对待。卡塔莉娜·亚莉泽，艾尔斯提帝国的骑士。曾经担任露莉亚的护卫和监视工作，但是知道了帝国是想利用露莉亚来获取强大的力量一事后，向帝国举起了反旗。把露莉亚当作妹妹一样重视。拉卡姆，操纵飞渡天空的飞艇“骑空艇”的精明能干的操舵士。受到过去的事故的打击而拒绝再乘上骑空艇。虽然看似很粗鲁的一个人，实际上是很会照料别人，也有好管闲事的一面。
讲述了SPT先锋小队在帕索尔星帮助麒麟夺回火之翼，麒麟告诉SPT先锋小队去巨石星卡图冈之门自然会找到无尽能源的答案，SPT先锋小队听了麒麟的话，去巨石星找卡图冈之门的事。战神联盟也将登场。盖亚的哥哥瑞尔斯以新形象和重要角色的身份再次登场，本季动画中将有许多新角色登场，麒麟、魔圣尤尼卡、海盗四魔将之一的吉约等新角色登场
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
