发生了警察被夺走自己的枪，后脑勺中弹死亡的事件。浅轮直树（井之原快彦饰）等特别搜查班开始展开搜查。逮捕了有前科的男子后，发生了第二起杀人事件。小宫山志保（羽田美智子饰）等人前往事件现场的餐厅，被杀害的是该店的厨师。得到了戴面具的男人的目击信息，不久，一名员工被拘留。然而，第三起事件又发生了。下一个被害者是从事黑钱行业的男子，作案手法和使用的手枪与第一、二起案件相同。监控摄像头拍到了那个戴面具的男人。直树灵光一闪，再次来到事件现场寻找线索。第四起事件终于发生了。
NCIS(海军犯罪调查机构)是一部关于一支特工小组的动作剧集，这支小组隶属五角大楼的特别部门，肩负着调查任何有一丝证据证明与海军及海军陆战队人员有关的犯罪，且不论其级别或职位的高低。领导这支小组并独立于海军指挥系统的是NCIS特工Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon饰)，这名经验丰富的调查员与审问员是个机智、强硬并且为了完成任务愿意打破常规的人。直接受Gibbs领导的是Anthony DiNozzo特工 (Michael Weatherly饰)，作为一名前重案组探员，其出色的本能来自于大量的调查经验。之后加入他们俩的是Kate Todd (Sasha Alexander饰)，一个美丽而又坚强的前特勤处特工，曾与Gibbs短兵相接（见NCIS第一季第一集）。还有从事技术分析工作的Abby Sciuto (Pauley Perrette饰)，是一名天才科学家，她那黑色幽默与哥特风格的装扮相得益彰。新加入小队的是Timothy McGee (Sean Murray饰)，麻省理工学院（MIT，剧中经常会提到）的毕业生，他对电脑的精通使他在Gibbs率领的小组中成为一名见习特工。在小组背后默默支持的是法医Donald "Ducky" Mallard (David McCallum饰)，他见多识广。从谋杀、间谍活动到恐怖活动、盗窃潜艇，这些特工们为了调查所有与海军及海军陆战队相关的犯罪活动，足迹遍布全世界。
