伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向消亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条由18道封印封禁的金龙，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡……
这是拥有继承自异世界的光辉名号及竞速能力的“赛马娘”自古以来就与人类共存的世界的故事。从乡下转学到都市的特雷森学园的赛马娘·特别周，和同班同学们一起一边切磋琢磨，一边赌上“日本第一赛马娘”的称号，目标是在“Twinkle Series”当中获得胜利！
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，两人漫长且炙热的故事就此展开。
家族大会之后，炎绝在逃亡路上被叶星云设局击毙，炎武一族实力骤减。玄冥世家蠢蠢欲动，绑架叶雪云想借机与青羽世家摊牌，却被叶星云安插在宁城的密探羽音发觉，最后叶星云亲自前往玄冥地牢，不但救出叶雪云，更在机缘巧合下寻到丢失多年的神物——玄鸟之羽。玄鸟之羽引起天地异象，绝世秘境通天古墓再次现世，各方势力集结宁城，最终谁将得到通天古墓中的绝世珍宝……
在这一续集里，主要描写的是一群围棋少男少女们如何面对前辈们留下来的恩恩怨怨，如何面对他们的友谊，如何面对发生在他们之间的情感冲突，导演把追求理想做为了全续集的重点，细腻的人物心理刻画和情感的塑造，进一步拉近了与现代青少年生活间的距离。新的续集中除了原女棋手方百花外，还增加了开小棋馆的女主人小芸，为能参加国手大赛而女扮男妆的 “陈公子”，及日本的“小百合”，使原本钢劲硬朗甚至有些残酷激烈的故事一下平添了几分柔美几分温情。 续集把“和谐”这一主题上升到一个高度，既表现为少男少女间的友谊、棋手间的关系，又更深层次的表现为一种亦敌亦友的态度、宽广和睦的人生境界、国与国间的真正情谊。 续集在围绕小主人公江流儿成为“围棋英雄”的情节设置中，还安排了一个“野蛮”的围棋少年高手“棋鬼王”，在日本少年棋手黑木与日本新“名人”组成的围棋三人组来到了中国时，危机之中凌云寺里的江流儿和“棋鬼王”抛弃前嫌与女棋手方百花组成了新三人组，于是挑战、迎战，一场惊心动魄的围棋大战，伴随着一件件让人始料不及的事件终于爆发了
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“夜晚尚未结束” 光克服了成为吸血鬼的困惑，决定“喜欢”荠菜，而荠菜也决心要让光“爱上”她。在完全不理解“爱”为何物的他们看来，夜晚的节奏却加速了。计划杀死吸血鬼的侦探莺莺（Uguisu Anko）的手正在逼近。吸血鬼的弱点是“人类时期所依附的东西”。他们试图提前摆脱这个弱点，但荠菜却对她作为人类的生活毫无记忆。荠菜隐藏的过去是什么？为什么安子开始杀死吸血鬼？荠菜和安子之间又有着怎样的“秘密”？光、荠菜、安子……一个新的“夜晚”开始了，而它不会以一个快乐的“深夜”结束！
纱名（大和田仁美 配音）自幼生活在“研究所”中，从未涉足过外面的世界。她拥有能够任意改变周遭物体的超级能力，因此被当做“危险品”一般受到重重监护。某日，再也忍无可忍的纱名逃出了研究所，随即遭到了组织的追捕。无处可去的纱名在走投无路的境遇下遇见了名为㭴村藏六（大冢明夫 配音）的老者，善良的老人收留了纱名。藏六和孙女早苗（丰崎爱生 配音）过着相依为命的生活，如今家中多了一个女孩，生活倏地热闹起来。和纱名一起逃出来的，还有个性大大咧咧自由奔放的雏雾朝日（藤原夏海 配音）和她的双胞胎妹妹雏雾夜长（鬼头明里 配音），女孩们所要面对的，是步步紧逼的研究员以及她们扑朔迷离的身世。
