纳兹和他的朋友们争夺最强公会的称号，一段新的故事就此开始。在纳兹和他的朋友们离开的七年里，妖精的尾巴已经成为菲奥雷王国最弱的魔法师公会，但现在他们的目标是赢得大魔法锦标赛，这是一个决定第一公会的节日。锦标赛第四天，纳兹和伽吉鲁将对阵目前最强公会剑齿虎的双龙组合斯汀和罗格。纳兹凭借在公会中培养的感情以及压倒性的力量，击败了双龙强大的合体攻击魔法。凭借这场胜利，妖精的尾巴及其成员们跳起舞蹈，登上榜首，欢呼雀跃。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
150年前，世界迎来末世，所有城市变成废墟。灾变后，生物发生未知的进化，被称为妖兽的怪物遍布世界，人类被迫建立起一座座基地城镇得以生存，而拥有各种对付妖兽能力的镖师成为新世界中连接人类聚居地的重要存在。少年陆仁伽为了调查师兄死亡的真相成为了镖师，活跃于东南片区，在历经镖局任务的各种冒险后逐渐接近真相……
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
