《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
新的一年，灰太狼贼心不死，依然奔跑在抓羊的征途上。挫折过后，灰太狼从小灰灰那里得到灵感，研制出“衣柜互联网”试图从自家衣橱进入小羊的衣橱。他的研究取得成功，不过去在异度空间和一具奇怪的小衣柜撞上，而小衣柜正是派送各种衣服的快递员。据说只要爱护自己的衣物，并诚心诚意许愿，那么就会得到小衣柜送来的新衣服。为了帮助受伤的小衣柜回到互联网上，喜羊羊、美羊羊、暖羊羊、沸羊羊、懒羊羊齐齐动手要帮助他，在此过程中还结识了小衣柜体内的新朋友：软尺“皮皮”、洗衣板“转转”、织针“尖尖”、七彩线卷“小彩虹”、大嘴鸟剪刀“大嘴”、放大镜“大镜”。
米娜与爸爸约翰一直都是两人相依为命，直到爸爸遇见了他人生的新幸福 - 海伦！约翰跟海伦即将结婚，米娜也有了新姐姐珍妮，从此她的世界变得乱七八糟。珍妮又是个超坏心的女孩，一直想赶走米娜的豚鼠好朋友，米娜沮丧地不想跟新姐姐一起生活。某天晚上，米娜意外闯进梦里的...
