讲述的是一个有关抗争与抉择的故事。能源之光即将消灭殆尽的宇宙，系出同源的光盟与影盟仍因为彼此的理念冲突而争斗。光盟战士叱风云与影盟盗猎团夜旋风察觉到，挽救宇宙的希望就在地球上。双方在地球展开绝体绝命的激战。然而就在这时，叱风云却在无意间发现，这个宇宙秘宝竟来自于光盟内部。它为什么一直被隐瞒?又是由谁将它带到了地球？黑暗正在蔓延，叱风云渐渐发现,自己要面对的，居然正是一直以来所深信的“正义”。战争的硝烟越渐越浓，谁能在这之中，保持自己，做出无悔的选择呢……
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2020年。人类从平流层下降，被怪异的生命体·怪异所威胁。为了讨伐怪异而组织起来的是怪伐军。那个将脑内的视觉系统具体化，拥有“超脑力”的人的集团。完成入伍的Yite和kazane，被卷入无法抗拒的命运和世界的真相。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
