在第一季结尾中，Jaha自愿留在太空中，换来方舟部分人成功降落到地球上的好消息。但百子们却在成功引爆驻地打败地表人后，被抓到气象山的隔离区中……Bellamy和Finn也在与地表人的打斗中生死未卜。而这一季的故事就从气象山、原方舟人和其他地球人种展开来。
本剧讲述了在“机场占领事件”过去一年后，前刑警武藏三郎（樱井翔 饰）成为警视厅刑事部人质事件对策班（BCCT）搜查员，再次卷入前所未有的危机。东京都知事选举特别节目直播中，电视台突遭戴着妖怪面具、自称“妖”的武装集团占领，500名人质命悬一线，三郎的妻女也身陷其中。面对恐怖分子的威胁，三郎联手BCCT成员及警视厅新搭档，全力展开营救。随着“那个男人”的再度登场，一场暗藏巨大阴谋的极限战斗悬疑剧再度上演！
两位城主强强对决
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
