第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
民国初，山东济南武林高手“燕子李三”被官府斩杀。李三师弟李显隐退江湖，将绝世轻功传与徒弟李云飞、李云馨、李云龙。十年后李显师徒回到济南，与日本武士对决抗争，名声大振.百姓称，燕子李三回来了。抗战时期，李显师徒投入到全民抗战的洪流中。三徒弟李云龙薄弱的内心和膨胀的私欲，使他最终成为了彻头彻尾的走狗，不得善终。二徒弟李云馨开武馆，传授武艺。大徒弟李云飞体会到，凭借武林气节，单打独斗，不可能真正救国，毅然加入抗战。
抗战初期，村姑花水仙在丈夫——八路军指导员马天龙的教育和帮助下，从一个莽撞冒失的农家女逐步成长为一名机智勇敢的八路军女战士的故事。村姑花水仙心地善良爱憎分明，她自诩为花木兰的后代，从小就做着参军打战建功立业的巾帼梦。在阴差阳错地嫁到了当地大户马家后，她无意中发现自己的丈夫马天龙竟然是一名八路军侦查员。于是，花水仙终日缠着马天龙，主动请缨要求参与任务。马天龙觉得花水仙没有接受过革命思想的教育熏陶，担心她成事不足败事有余。他屡次推脱花水仙却架不住她日渐高涨的革命热情，为了掩饰身份及时完成任务，在对花水仙进行一番强化训练和教育后，他们匆匆上阵投入到紧张的抗战斗争中。两人的感情在战火纷飞中日益深厚起来，而花水仙在马天龙的帮助下，也完成了从村姑到八路军女战士的华丽蜕变。
