这个世界一直流传一个传说：终有一日，魔王会降临于这个世界，魔王麾下，有七尊恐怖的魔头，他们，将带给这个世界绝望的黑暗。
主角江寒，是这个世界上龙之一脉的后裔，本篇从锁妖塔为起点，讲述了一个精彩绝伦，跨越时空的故事。龙化的江寒醒来，开始回忆起了之前的战斗：这个塔里的人，想让我突破至绝巅，我拒绝了，之后醒来我就躺在这里了；而另一旁，一位身着红衣的女子正准备起身回城，她就是传说中的女帝，而正是因为她的苏醒，才有了塔内和江寒的战斗：我在塔内收拾了江寒，恐怕他以后武力散尽，只是个俗人了。女帝走出锁妖塔，望向天空，不远处有一个身影，手持双锤飘在天上，这人正是禁军统领柳元霸，原来柳元霸是收到命令，在此地狙击海皇宗；海皇宗乃是天武大陆的御兽
异界神灵入侵。万名救世主被选中进入秘境，血战妖兽，全球直播。 楚陌：疯了吧？除我之外，救世主全员修仙者。让我一个普通人去和妖兽厮杀，这合理吗？ 签到系统启动。 签到第一天，获得千年妖兽之力； 签到第二天，获得传奇武神战斗经验； …… 签到三十天，我能一拳无敌！
这里是空中漂浮着众多岛屿的空之世界。在信奉神秘的岛屿“赛克汀瑟”上生活的少年格兰，以及会说话的羽蜥碧，某天，遇见了谜之美少女——露莉亚。露莉亚，是从企图以强大的军事力量支配这个空之世界的军事国家艾尔斯提帝国那里逃来的。格兰与露莉亚为了逃离帝国，带着格兰的父亲留下的写有“在星之岛伊斯塔鲁西亚等着”的书信，展开了前往壮大天空的旅程。格兰，在赛克汀瑟岛和羽蜥碧一起生活的少年。以失踪了的父亲留下的书信写着的“星之岛，伊斯塔鲁西亚”为目标，平时总是日不间断地锻炼，爱向有困难的人伸出温暖的援手。以跟露莉亚的相遇为契机，离开故乡踏上旅途。露莉亚，拥有驾驭星晶兽的能力的少女。被试图研究这种特殊能力的艾尔斯提帝国幽禁起来。从帝国逃脱过程中被格兰所搭救，和他一起踏上旅途。碧，从格林小时候开始就伴随其左右一起生活，如同搭档般的存在。喜欢吃苹果。讨厌被别人当作蜥蜴和小动物对待。卡塔莉娜·亚莉泽，艾尔斯提帝国的骑士。曾经担任露莉亚的护卫和监视工作，但是知道了帝国是想利用露莉亚来获取强大的力量一事后，向帝国举起了反旗。把露莉亚当作妹妹一样重视。拉卡姆，操纵飞渡天空的飞艇“骑空艇”的精明能干的操舵士。受到过去的事故的打击而拒绝再乘上骑空艇。虽然看似很粗鲁的一个人，实际上是很会照料别人，也有好管闲事的一面。
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格蕾特（Gretel）被指派调查本世纪的罪行–国王的神秘失踪。她的兄弟汉瑟（Hansel）是一位著名的骗子，给魔法监察员无可挑剔的声誉蒙上了一层阴影，使本来已经很困难的案件变得复杂起来。秘密机构知道，只有在格勒泰尔（Gretel）的知识和汉瑟（Hansel）的才智结合在一起，他们才能找到国王。他们将一起追踪魔法世界的阴森诡秘的秘密，与邪恶势力作斗争，并向强大的女巫发起挑战。
知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。
身为人类的海昕和夏凡，因为一次偶然的机会，得到了梦寐以求的魔法能量。并在魔仙希雅的同意下，成为了小魔仙，和希雅一起守护人类世界和魔法海洋。她们在帮助希雅调查污染魔法海洋的海兽时，结识了海萤堡的海达王子及其他一众魔仙。众人在寻求真相的路上遇到了很多困难，但大家团结一致，共同努力，一起渡过了重重难关。
