皇太子在一次民间出巡，邂逅了一位民间女子。这位女子为皇太子诞下一名女儿。适逢盗贼作乱，皇太子与母女俩失散。数年后，皇太子已登基成为皇上，并寻回失散的女儿──甜丝丝。丝丝在民间流落多年，沾染了民间的市井习气，加上生性懒散，皇上为之头疼。皇上为了让丝丝成为一个高贵的格格，于是把她送进尚书房学习。甜丝丝格 格那顽皮、爱捣蛋的可爱性格为皇宫带来了新冲击，故事亦由此而起。此后，甜丝丝认识了尚书房班长心柔柔、从西洋归来的华伦，以及后备武状元白米饭。这四位好友与讨厌小朋友的大臣王坤，在皇宫发生连串趣事。
万磁王为了争取更多变种人的权利，他聚集了一批部下不断针对人类进行破坏。而X教授致力于人类与变种人之间和谐生存，他创办了X学院，收取变种人学生，教导他们知识，让他们能合理运用自己的能力。培养他们成为X战警，保卫人类与变种人。
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I-Machine——那是在极限环境下作业的大型机器人的总称。 联盟学院学生三栗麻耶在使用I-Machine的途中被卷入事故， 得到驾驶着I-Machine、如同海贼一般挖掘欧利哈特矿石的埃斯卡维特公司的宇宙船的帮助，并演变成要身为公司的一员进行工作的局面……。 在各有特点的成员们当中生活的同时，麻耶开始逐渐了解何为“人类”。
