《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
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这个洋馆里有一个秘密——伫立在悬崖边上的巨大洋馆「影宅」中模仿着贵族们生活着的，没有脸的一族人「影子」。以及作为影子的“脸”而存在并侍奉他们的「活人偶」。某一日，“影子”的少女凯特的住处，有一位“活人偶”来访。“影子”与“人偶”的不可思议的日常生活就此开始。
嘉味田正一（田丸笃志 配音）是一个极为平凡的高中二年级男生，有着一本正经的外表，却常常会陷入脑洞大开的幻想之中。在填完志愿调查表后，正一忽然察觉到自己已经站在了人生的分叉路口前，对未来产生了无限的希冀和稍许的不安。乐观开朗的班级偶像常木耀（佐仓绫音 配音）、正一的青梅竹马桃乃今日子（木村珠莉 配音）、态度强硬内心却十分温柔的桧山水羽（井泽诗织 配音）、柔弱内向缺乏自信的上崎真诗（三上枝织 配音）、身手矫健的足球健将宫前透（下地紫野 配音），在青春的最后时光里，正一会和这些性格迥异的女孩子们发生怎样的故事呢？
成功营救药老后，重伤的萧炎被带回星辰塔闭关。得益于三千焱炎火和星辰之力的修复，沉睡了一年的萧炎终于苏醒，并晋升为斗尊。为了修复药老的本源魂气，萧炎决定前往远古时期斗圣留下的遗迹。然而，无数势力都觊觎此地的天阶斗技和斗圣骸骨，在遗迹未开启之前，已经有多方势力汇聚于此，所有人都想分一杯羹。与此同时，魂殿的威胁也迫在眉睫，萧炎唯有火中取栗，方可博得一线生机。
冷面杀手十七与渔村少女千晓因神秘时轮结缘，一个想“离职”找自由，一个想“离岛”寻精彩，他们决定暂时合作成为“一日时轮搭子”，在繁华的大都会开启了一场有惊有喜的浪漫奇遇。在这个过程中，十七和千晓的关系悄悄发生着变化，从最初的冤家对头逐渐变成了默契搭档，两颗心在不经意间靠近的同时，殊不知时轮背后的秘密，也在悄然影响着两人的命运……
