咖宝指挥官田小咖迎来了像水晶一样灵巧又聪明的水晶咖宝伙伴，同时，升级水晶能量的老咖宝伙伴也再次登场。动物们的安全受到盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙等坏人的威胁，自然环境也因为人类的种种不当行为而受到破坏，捣蛋家族和黑心外星人利用各种手段作恶，城市里还发生着各种各样的危机，小咖和咖宝凭着仁爱和正义的精神，利用勇气、策略和神奇力量，一次又一次战胜困难，消除危机，大家齐心协力，一起帮助动物、大自然和更多的人，持续为身边的世界传播正能量。
故事以主角的第一人称进行，“我”（浅沼晋太郎 配音）是京都大学的一名三年级生，原本期待着有一个玫瑰色多姿多彩的大学生活，希望自己能交上飘逸黑长发的漂亮女朋友。然而事与愿违，主人公经历了一场失败的恋爱，身边的朋友也少得可怜。主人公唯一的朋友小津（吉野裕行 配音），长相像一只妖怪，以捉弄情侣为乐。主人公常常唾弃小津，却离不开他。随后主人公认识了师妹明石（坂本真绫 配音），她是个性格冷淡的黑发少女。正是因为自己当初选择了网球部，才导致大学两年如此失败，于是“我”假想如果自己入学时选择了另外一个社团，会不会经历另外一种截然不同的大学生活呢？本作从平行时空的角度，围绕着主人公重新从大一新生选择社团开始，选择了各种各样不同社团，发展出不一样的青春故事。
