第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
大明成化十四年，六品推官唐泛和锦衣卫总旗隋州联手，破获侯爷公子遇害悬案，两人一时名声大振，结下情谊。虽名声在外，为官清廉的唐泛仍租房度日，贤德房东张氏却横死密室，看似自杀却疑点重重。一番排查，死者的夫君李漫终被擒获。不久唐泛赴河南查案，获悉北宋帝陵附 近多人相继失踪，真凶又是越狱的李漫。一番殊死较量，李漫再次落网，但李漫及其爪牙似乎只是棋子。随即，京城与地方上大案不断，“侍郎夫妇横死案”、“诱拐太子案”，背后均隐现朝堂势力。唐泛与隋州最终揭露真相，一连串案件的幕后推手，正是密谋造反的东厂督主尚铭。其利用所掌握的朝野势力，制造混乱，铲除异己，培植羽翼，意图为造反打下基础。唐泛与隋州合力粉碎了尚铭的阴谋，受到嘉奖。二人继续勤勉为官，持心公正，脚踏实地惩奸除恶，为给百姓一个太平天下而不断努力。
有钱人家的大小姐神户美和子（深田恭子饰）作为刑警破案的故事续集。西村伯爵家的传世钻石silver cat为人觊觎，犯人杀死了伯爵家的管家后逃逸，现场未留下丝毫线索。警方对整起事件一筹莫展，而美和子却提出在豪华巨轮上将钻石拍卖，再当场抓住犯人的想法。这在其他警察看来实在有些天方夜谭，犯人会否中计姑且不说，投入其间的巨额费用可不是警部能承担的。可是美和子却表示愿意承担所有的费用，这种为美和子惯常使用的“奢侈破案法”实在让其他警员恼怒不已，可是美和子却总能利用她那份贵族生活经验和异于常人的思维漂亮地破案！
