主人公方图原本是一个经常遭遇失败的少年，意外捡到托宝召唤器，召唤出了托宝战士，并与他们成为了好朋友。与此同时，外星的黑暗势力入侵地球，邪恶主宰蒲尔萨的手下——泡泡猫来到地球上为非作歹。为了阻止泡泡猫的恶行，方图和托宝战士们并肩作战，粉碎了对方一次又一次的邪恶计划。在这个过程中，方图逐渐成长找到了自信，最终成长为了拯救地球的英雄。
拉贝尔大陆遭到外来星球帕拉尼的入侵，为了守护拉贝尔，驱逐帕拉尼的黑暗，拉贝尔的魔法少女雪城爱与帕拉尼的王子埃里克一同前往地球花千屿。在召回春、夏、秋三季的节气花信精灵后，他们却发现冬季的精灵已经受到黑暗影响，陷入混乱。雪城爱带领大家，寻找冬季节气花仙，希望能帮助他们摆脱黑暗，共同御敌。
重生成为一株柳树？灵气复苏，万物崛起。重生的柳树也走上了进化之路。能够无限进化的它，是“神力”还是“诅咒”？
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
