人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
帕尔斯是一个富饶而又强大的国家，百姓们在此安居乐业，国泰民安。然而，异教徒之国鲁西达尼亚的铁蹄踏破了帕尔斯的宁静，纷飞的战火烧毁了辛苦维系的和平。帕尔斯在战场之上节节败退，丢掉了大片的疆土，国家走到了灭亡的边缘，王子亚尔斯兰（小林裕介 配音）亦不得不踏上逃亡的旅途，一路上保护着他的，是忠诚而又强壮的骑士达龙（细谷佳正 配音），两人相互扶持，是否能够完成复国的愿景呢？那尔撒斯（浪川大辅 配音）、耶拉姆（花江夏树 配音）、奇夫（大桥贤一郎 配音），一路上，亚尔斯兰结识了一群愿意跟着他出生入死的好友，他们相互信赖，相互依靠，彼此之间结下了深厚的友谊。在重重的困难之中，一行人艰难的向着王都进发。
那是在极限的世界战斗的人们之间牵绊的物语—— 存在于这一时空的，无数平行世界之一—— 在那里，人类驱使着被称作战术步行战斗机（战术机）的人型兵器，与敌对的地球外起源种「BETA」持续了长达数十年的战斗。被灭亡的危机逼入绝境的人类，在残酷的命运当中将会展现怎样的生存方式——
当一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降时，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案，该档案可以追溯到德川第三任幕府将军家光时代。在通读这本书时，吉宗开始揭开内室的历史。
