恐龙是史前时代的霸主，曾在地球生存长达数千万年，然而如今恐龙早已灭绝，人类曾对恐龙产生许多好奇，并透过化石研究，一步步探索恐龙世界的秘密。由于百年来的化石发现累积、历代研究专家的奋力不懈，加上现代科技的进步，我们对恐龙的理解越来越多，很多与恐龙有关的谜题也陆续被解开来。让我们一起走进恐龙时代去探索恐龙的奥秘吧！
正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战…… 本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。
这是一个脏孩子有趣而惊险的梦。他带我们见识了潜伏在古墓中丑陋可怕的老鼠王国，那些形形色色具有特异功能的特种老鼠，以及狂妄到几乎神经错乱、一心想当地球“球长”的老鼠国王，还有令人笑破肚皮的老鼠学校。在巧妙地解开难度极高的智慧锁、冲破重重阻碍以后，我们机智勇敢的小帅哥，在有 正义感的小白鼠和小花猫、大黄狗的帮助下，彻底挫败鼠博士企图用人体试验最新病毒的阴谋，并利用老鼠公主的荒唐婚礼，用鞭炮炸毁了整个老鼠王国，回到阳光灿烂的人类世界。毫无疑问，他从此再也不会邋遢了。但我们会想，难道这仅仅是一个关于讲卫生的故事吗？
阿部晴明是一位害羞、爱哭、笨手笨脚的人类老师。
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
为从美杜莎女王手中夺取异火，萧炎在药老陪同下前往蛇人族居住的塔戈尔沙漠。却因口渴误闯绿洲，引来蛇人族高手月媚追杀。没有药老逆天协助的萧炎，眼看要被月媚杀死，生死存亡之际，幸得一位蒙面斗皇相救。不料蒙面斗皇一行人也为异火而来。美杜莎女王拒绝古河交换异火的条件，蒙面斗皇戳穿女王此刻是能量体，而真正的女王在某处准备吞噬异火，进化为斗宗。蛇人族攻击冒犯女王的古河等人，萧炎也在混战中感知到异火行踪，潜入女王所在的地心岛……
