九剑山掌门外出，门中独苗玉藏锋留守九剑山， 但没过多久却发现师傅魂灯熄灭 ，临死前传讯要他接任掌门，保九剑山传承不灭，要是能广大门楣就更好了。面对除了自己就只剩下一个杂役少女的九剑山。主角开启授徒万倍返回系统，只要赐予徒弟物品，就能获得随机最高万倍返还。当下出关收杂役少女江月瑶为徒， 疯狂赐予，获得倍返 ，实力大涨， 轻松碾压前来上门挑战、企图吞 并九剑山的狂刀堂长老及数名弟子。一番仔细研究系统后开始复仇狂刀堂，一人一剑覆灭狂刀堂，获得不少修炼资源 ，也获得师父陨落线索， 指向玄剑宗。
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《超越善恶》原本计划作为该系列的完结篇，但福克斯在最后一刻又购买了几集。因此，最后六集的动画风格有所不同。萨班在菲律宾聘请了一家工作室（简称为菲律宾动画工作室，该工作室也参与了1994年《神奇四侠》系列第二季的制作），因为制作前四季的动画工作室AKOM因其他项目正在筹备中而无法使用。
孙悟空为了拯救终年无雨的花果山，孤身前往只招收神仙学员的仙法学院——三星洞，拜师菩提老祖学习变化无穷的仙术。求学期间孙悟空除了交到一群肝胆相照的好友外，还发生了很多欢乐有趣、啼笑皆非的故事。然而此时，东海龙王正在暗中研制药物，通过控制傀儡的意识使之成为无情的杀手，向天庭复仇。孙悟空与他的同学们发现了龙王的阴谋，齐心协力试图阻止这场将会殃及苍生的争斗，与东海龙王展开了上天入海、横跨仙人两界的终极大战。孙悟空也在此次大战中完成了成长与蜕变，领悟了七十二变的真义。
