仁和医院高级精神科医生高立仁（方中信 饰）在婚礼前痛失为重案组探员的未婚妻莫敏儿（徐子珊 饰），随即陷入悲伤中不可自拔，甚至为此辞去工作。却不料就在此时，医院接收了一名声称被幻听所困更涉嫌强奸案的精神分裂患者。对此案不甚关心的高立仁路过案发现场，误打误撞帮助了博安医院法医精神科医生梁启荣（萧正楠 饰），并建立亦师亦友的关系。已经在外挂牌行医的连志森（蒋志光 饰）担心老友丧妻后萎靡不振的精神状态，多番劝说他重振旗鼓。高立仁也终于决定去博安医院任职。
梁德华（方中信 饰）是一位知名的唱片经理人，而刘福荣（谢天华 饰）则是兼职计程车司机，两人原本毫不相干。有一天晚上，梁德华乘坐了刘福荣的计程车，结果发生了车祸，两人昏迷不醒。勾魂使者（袁彩云 饰）糊里糊涂地把本不该死的刘福荣带到了阴间，而让命数未完的梁德华留在了医院里。使者意识到自己犯了大错，答应帮助刘福荣回到阳间。刘福荣兴高采烈地返回了阳间，却发现自己的身体已经被火化了。无奈之下，刘福荣只能借用梁德华的身体。
本季中，米奇和特里努力守护他们的美国梦，但为了超越对手和执法部门，他们的关系却受到了损害。兄弟俩偶尔会为了共同的目标放下分歧，但墨西哥发生的事情将永远改变他们。
一位祖母的生活因丈夫在结婚33年后离她而彻底改变。在家人、优雅、尊严和果冻沙拉的帮助下，她开启了新的篇章。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
