由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
公元 3084 年，人类定居星际空间，但太空仍然充满秘密 - 最先进的宇宙飞船 Delta 号由一个非常强大的电子大脑控制，负责执行对新发现星系的研究任务。Delta 计划的构想是为了建立星际文明之间的对话。外星记者 Alma 被允许登上宇宙飞船后不久，她和船长注意到控制飞船的超级大脑可以自行行动。然而，没有人指望这个人工智能会想要探索人类的情感和感觉领域。最终，他们意识到记者的美貌是大脑奇怪行为的原因。她成为了大脑的缪斯女神。这台被迷住的机器失控并威胁到周围的所有生物。
在一片终日不见光明的大陆“琥珀之地”上，有一个神圣的职业——信蜂。在这片人工太阳照耀不到、蔓延着黑暗的危险之地，信蜂赌上性命也要为国民递送重要的“信件”。高修（福山润 配音）就是一名优秀的信蜂，这天他要送递的“信件”是一名叫拉格（泽城美雪 配音）的少年。拉格的母亲于某日被一群陌生人强行带走，拉格的母亲将他作为信件，送往外海小镇的婶婶家。运送途中，拉格为高修那颗坚强而温柔的心所吸引。因为崇敬高修，拉格决心要成为一名优秀的信蜂。12岁时他通过考试成为信蜂，却意外发现高修已经不再是信蜂，而且失去了“心”，下落不明。拉格踏上信蜂之路，递送着人们“心”和“希望”的信件，他要找到高修……
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