《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
故事发生在一个图腾崇拜的时代，这是一片充满神秘色彩的远古大陆，这里有着各式各 样的生物与原始部落。图腾战士是这个世界里最受人尊崇的职业。他们拥有超越常人的力量与智慧，他们有着坚毅的信仰，他们用各自的方式与力量守护着自己的部落。主人公小鱼便是在这样的环境下成长起来的，即使自身条件不足，却仍以成为图腾战士为目标。在一次阴差阳错中，小鱼竟击败了一只剑齿熊；也正是凭借着这样的运气，他开始了自己的图腾战士之路……
身为人类的海昕和夏凡，因为一次偶然的机会，得到了梦寐以求的魔法能量。并在魔仙希雅的同意下，成为了小魔仙，和希雅一起守护人类世界和魔法海洋。她们在帮助希雅调查污染魔法海洋的海兽时，结识了海萤堡的海达王子及其他一众魔仙。众人在寻求真相的路上遇到了很多困难，但大家团结一致，共同努力，一起渡过了重重难关。
“想洗清嫌疑，方法有很多，语言辩解只是其中的一种，但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法！”紫川秀，这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领，在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下，成为了远东地区数十万联合部队的首领。一位新的远东之王——光明王，诞生了！
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
