前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
仁和医院高级精神科医生高立仁（方中信 饰）在婚礼前痛失为重案组探员的未婚妻莫敏儿（徐子珊 饰），随即陷入悲伤中不可自拔，甚至为此辞去工作。却不料就在此时，医院接收了一名声称被幻听所困更涉嫌强奸案的精神分裂患者。对此案不甚关心的高立仁路过案发现场，误打误撞帮助了博安医院法医精神科医生梁启荣（萧正楠 饰），并建立亦师亦友的关系。已经在外挂牌行医的连志森（蒋志光 饰）担心老友丧妻后萎靡不振的精神状态，多番劝说他重振旗鼓。高立仁也终于决定去博安医院任职。
该剧讲述阴差阳错地女扮男装参加冰球部的少女桑甜，与冤家路窄的队友闻冰在一次次交锋之后，从互相嫌弃变成了彼此欣赏并和队友们奋力拼搏，取得了高校联赛的冠军的故事。
格蕾成功生娃，韦伯触电待救，胖C发现AC出轨情感危机，杨和欧文感情不甚乐观，四月继续纠结小黑。第二代实习医生遇到重大考验，生离死别，真情初现
Jackie（蔡少芬 饰）罹患脑癌后一直昏迷，程至美（吴启华 饰）一直守候照顾。至美的用情专一深深感动了同一所医院的医生何心研（蒙嘉慧 饰）。富家女出身的心研跟风流医生林敏智（陈豪 饰）本是恋人，遇上了至美才让她看到了细水长流的爱情。
