莫凡迁至魔都，卷入“秘密事件”的调查中。过程中，莫凡帮助唐月脱困，意外获得玫炎火种，再度觉醒双系，目标直指明珠学府。大学生活开始，召唤系迎来“斗兽大赛”的挑战。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。 十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……
为应对即将入侵地球的三体人，航天博士程心主持了对三体舰队主动侦查的阶梯计划，将身患绝症的云天明捐赠的大脑送入太空。得知云天明一直深爱自己并送给自己一颗星星，程心后悔莫及，进入冬眠。两百年后，程心苏醒并将星星赠给联合国，并因此被推举为威慑三体的执剑人，但她的善良促使三体发动全面进攻，人类文明危在旦夕……
战国时代，号称霸王的织田信长，在现代日本复活了。但，却是以柴犬的样貌！与信长同时代的战场名将们，也全都转生成了狗。现代的群雄割据，是在遛狗场中……！？
新的一年，灰太狼贼心不死，依然奔跑在抓羊的征途上。挫折过后，灰太狼从小灰灰那里得到灵感，研制出“衣柜互联网”试图从自家衣橱进入小羊的衣橱。他的研究取得成功，不过去在异度空间和一具奇怪的小衣柜撞上，而小衣柜正是派送各种衣服的快递员。据说只要爱护自己的衣物，并诚心诚意许愿，那么就会得到小衣柜送来的新衣服。为了帮助受伤的小衣柜回到互联网上，喜羊羊、美羊羊、暖羊羊、沸羊羊、懒羊羊齐齐动手要帮助他，在此过程中还结识了小衣柜体内的新朋友：软尺“皮皮”、洗衣板“转转”、织针“尖尖”、七彩线卷“小彩虹”、大嘴鸟剪刀“大嘴”、放大镜“大镜”。
一代魔尊帝释天，在即将突破天地桎梏晋入魔仙之际，惨遭亲信背叛，被正道五宗围攻而死。就在全天下都以为世间再无魔尊之时，帝释天却离奇重生，以修道学徒莫凡的身份生活。面对法力全失、肉体孱弱的境况，他选择隐忍，将魔道与人道糅合修炼，专心修习，再塑神通，强势崛起。但在所谓正道五宗的步步紧逼之下，帝释天终将踏上复仇之路，血刃叛徒，横扫五宗，荡尽天下邪祟，再现魔尊当道！
