本季中，米奇和特里努力守护他们的美国梦，但为了超越对手和执法部门，他们的关系却受到了损害。兄弟俩偶尔会为了共同的目标放下分歧，但墨西哥发生的事情将永远改变他们。
高若彤是高元通的掌上明珠，热衷摄影艺术。堂兄高锦鸿对家族企业却虎视眈眈。锦鸿一直是元通的助手，元通视锦鸿如亲子般无微不至的照顾，可锦鸿却毫不领情，一心想掌控高氏集团，占为己有。但他却被高若彤的单纯善良所吸引，直至渐渐沉沦，无法自拔。一边是权力，一边是美人，且看他如何选择。是选择江山放弃美人，是选择美人而放弃江山，还是与美人携手，看云卷云舒。
解放重庆的最后一次战役打响后，西南特区代区长廖一潭部署渣滓洞白公馆特务和刽子手潜逃、潜伏等有关事宜，并全权负责指挥执行一项代号为C30计划的秘密行动。一直隐蔽在敌人内部、代号叫“山鹰”的地下党员将敌人行动目标通知了地下党后失去联系。刚刚建立的重庆市公安部长刘灿作出了三个重大决定：一是吸收地下党联络员黄菊芳加入公安队伍，尽快联系“山鹰”，二是启用伪警察赵金斗加入刑警队；三是组成敌特人员甄别小组。潜逃人员接二连三的袭击解放军，破坏市政重要设施，公安部损失惨重。绰号叫“猫头鹰”的刽子手，多次化装在市区出现破坏，却几次逃脱。周畅经过千辛万苦，终于把“山鹰”的情报送出，公安部周密部署，最后抓获了全部执行C30计划的刽子手。
2261年，沃伦人加入了暗影战争，但当沃伦人开始摧毁他们认为受到暗影“影响”的整颗星球时，他们的策略引起了联盟的担忧。巴比伦5号对此感到不安，于是招募了其他几个强大而古老的种族（即“先民”）加入他们的阵营，共同对抗暗影和沃伦人。约翰·谢里丹上尉逃离扎哈杜姆后返回空间站，但他付出了代价：除非生病或受伤，否则他只剩下20年的生命。陪伴他的是一位名叫洛瑞恩的神秘外星人，洛瑞恩自称是银河系中最古老的智慧生物。
