威尔·斯科特是联邦调查局顶尖的密码分析师之一，他受雇破解一份高度加密的文件。他很快发现这是一份暗杀名单，这使他成为想要夺回名单的坏人的眼中钉。
一年过去了，格伦登宁勋爵去世，莫里在巴黎工作。天堂店的现任老板凯瑟琳最近嫁给了风流成性的汤姆·韦斯顿，韦斯顿有一个年幼的女儿弗洛拉。她召唤莫里回来重振这家生意下滑的商店。回来后，莫里向仍在天堂店工作的丹妮丝求婚，而奥黛丽则向埃德蒙求婚。新来的员工是女店员苏西和店员纳撒尼尔，苏西爱上了纳撒尼尔，却不知道他是芬顿的破坏者。芬顿是一个竞争对手，正试图收购天堂店。凯瑟琳知道韦斯顿也想卖掉天堂店，便敦促莫里把重新开业的店面办好。丹妮丝怀疑纳撒尼尔的行为，便揭发了他，导致纳撒尼尔被解雇，莫里在管理的第一天就获得了巨额利润。韦斯顿看到了这笔生意的潜力，便取消了与芬顿的交易。
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
