故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..

台湾黑道正道会的朱雀部队专司暗杀，玻璃心（Glass Heart/G•H）正是组织一手培养的顶尖杀手，作风纤细精密，其谨慎程度甚至被人讥为胆小，却能一枪准确命中任何猎物的心脏，射程达六百米以上。在暗杀五十人后，第五十名猎物的女儿无心的几句童语让G•H终于崩溃，无法再继续作为杀人机器的生活。于是她从高楼跃下，让尖锐的铁栏杆贯穿自己心脏。另一方面犽羽獠总算要和槙村香结婚了，婚礼前夜阿香却为了救小孩而车祸身亡，按照阿香生前填写的器官捐赠遗愿，阿香的心脏就被捐了出去。没想到在运送过程竟然被劫，阿香的心脏于是阴错阳差地移植入G•H的身体里。 G•H的手术异常成功却迟迟没有醒来，她的意识在抗拒「醒来」这件事， 此时她的内心却响起了阿香的声音——器官移植有时会带有人生前的记忆感情——在阿香的鼓励与安慰下G•H终于苏醒，杀了组织看守人后潜逃，凭着记忆从台湾来到日本新...

　“虫”既不是动物，也不是微生物，而是一种自然界中无处不在的力量，拥有独特的生命形态，偶尔和人类生命产生交汇，便生出一些奇妙的故事。但人们即使得知了“虫”的存在，大部分时候也不知如何应对，这便需要“虫师”出马。银古就是一位虫师，他一头银发，年纪尚轻，但已经半生游历，经过一个个山野、村庄，为人们解决“虫”的问题，通过和被“虫”困扰的人们接近，他也接近了许多故事。银古的游历像风一样，再惊心动魄的“虫”似乎都融化在水墨样的山峦叠嶂间，芸芸众生也是过眼云烟，淡淡的故事里没有哀伤只有静穆。

女子高中生音无小夜（喜多村英梨 配音）有一个幸福的家庭和一群善良的朋友，虽然丧失了一年之前的全部记忆，但这并不妨害她享受眼前的快乐时光。在这个世界中，出现了一种名叫“翼手”的怪物，它们拥有永恒的生命，以鲜血为食，现在，这些怪物的存在逐渐威胁到了人类的安全。表面上来看，小 夜和这些可怕的怪物似乎一辈子都不会有所交集，但在2005年的这一天，当那个漆黑的不详男子出现在小夜的面前时，一切都改变了。男子名叫哈吉（小西克辛 配音），他的到来不仅改变了小夜的命运，也唤起了小夜丢失已久的回忆。

北岛玛雅（胜生真沙子 配音）是一个各方面看都很普通的少女，她家境贫穷，和母亲蜗居在店铺街的小二楼里。可是，一旦站到了舞台上，玛雅就会绽放出耀眼的光芒。无论什么样的剧本，只要看过一遍，就会牢牢记住其中的台词，拥有着这样能力的玛雅被当红明星月影千草（中西妙子 配音）相中了，玛雅加入了月影老师所在的月影剧团。初涉演艺界的玛雅获得了巨大的成功，同时也认识了另一剧团的樱小路优（三矢雄二 配音）。

这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作……
　　本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。