一个小男孩的狗狗因为自家后院的异常现象而失踪了，这是一个通往我们宇宙另一个维度的入口。他必须依靠朋友和不和睦的家人找回狗狗，并关闭入口，以免它造成可能摧毁两个宇宙的裂痕。

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。

越战后，美国政府进行了一项绝密的科学计划。科学家们将越战中牺牲的士兵的尸体冰冻起来，植入电脑芯片，输入战争程序，讲他们改造成为新一代的战争机器人――“宇宙战士”，这些机器人没有情感和以前的记忆，只有冰冷的杀戮武器。士兵卢克（尚格•云顿 Jean-Claude Van Damme 饰）和班长安德鲁（杜夫•朗格 Dolph Lundgren 饰）就是其中两员，他们被派往参加一场新的战争。战争中，两人的芯片突然出错，令两人都恢复了以前的记忆。
卢克记起越战当年正是安德鲁突然性情大变将属下和俘虏都杀光，误闯美军基地的女记者罗伯斯（艾丽•沃克 Ally Walker 饰）意外获悉了美军这一秘密。本来罗伯斯难逃一死，关键时刻卢克救走了她。于是，美军派出所有的宇宙战士开始追杀二人

为军方研究生化武器的安布雷拉公司在浣熊市地下设有巨大的研究中心——蜂巢，由于一次意外事故导致可通过空气传播的生化武器泄露，负责蜂巢安保的电脑系统“红色女王”启动应急措施，却导致数百名工作人员罹难……四小时后，蜂巢安保人员爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）在蜂巢出口醒来，并且因为催眠气体而失忆。一支受命关闭红色女王的特种小队来到此处，与爱丽丝、自称警察的安德森，以及蜂巢工作人员帕克斯组队深入地下。一行人因任务目标与红色女王冲突而先后遭遇保卫系统和丧尸的连番袭击，而爱丽丝渐渐恢复的记忆揭示了她与同行者非同一般的联系。这场生化丧尸危机该如何解除？又或者根本是一曲绝望的前奏？

渐渐习惯了现代生活的美国队长史蒂夫·罗杰斯（克里斯·埃文斯 Chris Evans 饰），在一次行动后隐隐嗅到神盾局内部所弥漫出来的凶险气味。而当得知神盾局正秘密进行的“洞察计划”后，他更为此感到愤怒。某天，神盾局指挥官尼克-法瑞（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）遭到一群武装分子袭击，他拼尽全力将一支U盘交到美国队长手中，这里面藏着该局二战以来最重要且最可怕的秘密。在此之后，美国队长因涉嫌杀害尼克而遭到前局长亚历山大·皮尔斯（罗伯特·雷德福/Robert Redford 饰）的通缉和追杀，逃亡中他得到黑寡妇（斯嘉丽·约翰逊 Scarlett Johansson 饰）和退伍老兵“猎鹰”（安东尼·麦凯 Anthony Mackie 饰）的帮助。

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，平行存在于现实世界中的横浜。幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。