这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
在遥远的上古时期，拥有神秘力量的“东皇钟”被秘密封存，一分为四放于四处遗迹。如今，邪恶组织“猎影团”企图集齐神钟以掌控世界。为阻止这场浩劫，天才神探诸葛九九临危受命。她将携手两位性格迥异的伙伴——胶布与幽灵，组成精英夺宝小队，与猎影团展开一场横跨全球的夺宝竞速。从变异丛生的幽灵岛到黄沙漫天的沙漠金字塔，再到暗流涌动的都市舞会，他们必须破解千年机关，甩开致命追击，抢先集齐四块神器碎片，守护世界的和平。
世界会变成什么样？灵犀阁最后一位阁主到底是谁？被释放的火领主会做什么？灵犀阁会怎么样？女王和黎灰会得到灵犀之力吗？店长辛灵会回来吗？
更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。
海宝是彩虹城的守护者，是帮助人类的精灵，有超能力，能够解救人类，看上去憨厚可爱，实则大智若愚。有一天，玩偶星球派来了破坏者丑丑，作为彩虹城的守护者，海宝与丑丑展开了战斗，这是故事中一对主要的冲突角色。但丑丑并不是简单的反面形象，他来自外星球，那个星球因为发展模式出现了问题遭遇了困境。玩偶星球的生物已经丢失去了原本所具有的真情实感，但丑丑的内心中藏有美好的东西，因此，最终被海宝和彩虹城的人们感化。
宠兽时代，宠兽实力决定一切！战宠师们全都努力而缓慢提升着宠兽实力。直到一家神秘宠兽店横空出世！短短几天的培育，低等骷髅居然能一刀斩杀黄金巨龙？！看门土狗竟然身怀十大宠兽秘技？！看店打工妹甚至自称为神……至于老板苏平：将可爱萌宠培育成史前王兽，难道不是常规操作？
