这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
蜀山首席大弟子林长卿惨遭诬陷后被废去修为发配锁妖塔，却意外激活最强悟性系统，从此顿悟各种绝世功法。从练气一层到陆地剑仙，他以一己之力镇压万妖入侵，与狐族圣女胡夭夭和冷艳师姐叶倾城上演了一边斩妖除魔，一边谈恋爱的逆袭传奇。
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
个性开朗同时又成熟稳重的阿红（小松未可子 配音）和弟弟清次（夏木淳弥 配音）过着相依为命的生活，两人共同经营着一件名为出云屋的古董店，店里所售卖的，全部都是有着上百年历史的老古董，时间的精华凝聚在这些古董上，使得这些看似普通的物品上被附着了名为“付丧神”的灵体，而这些付丧神们，会帮助将它们买回家的主人们解决遇到的种种问题。沉默寡言性格非常冷漠的野铁（奈良彻 配音）、如同满月一般圆润，性格古板而又认真的月夜见（仲野裕 配音）、老成而又稳重的五位（平川大辅 配音）、美艳不可方物的公主（明坂聪美 配音），这些付丧神们在人类的悲喜前展现出了他们对于人生的不同见解。
