这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
这个洋馆里有一个秘密——伫立在悬崖边上的巨大洋馆「影宅」中模仿着贵族们生活着的，没有脸的一族人「影子」。以及作为影子的“脸”而存在并侍奉他们的「活人偶」。某一日，“影子”的少女凯特的住处，有一位“活人偶”来访。“影子”与“人偶”的不可思议的日常生活就此开始。
