突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
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《方舟:动画系列》讲述了一个神秘的原始大陆上居住着恐龙和其他灭绝生物的故事，在那里，人类历史上所有的人都复活了。当21世纪澳大利亚的古生物学家海伦娜·沃克在灾变发生后在方舟上醒来时，她必须学会生存并找到新的盟友，否则就会再次死在残忍的军阀之手——与此同时，她要努力揭开他们陌生新世界的真实本质。
