故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
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三百年后的奇轮星，地球和奇轮星可以通过奇轮火车来往，奇轮射手和奇轮人自由组成搭档进行奇轮对战比赛！但以罗伦为首的黑暗兵团正策划着一个以毁灭奇轮星为目的的阴谋。在《激战奇轮》中第一代的奇轮王烈焰，收到现任奇轮女王凤凰的召唤来到了这里，与李小萨成为搭档参加奇轮大赛。在比赛的过程中，结识了吴官月、陈石武等怀着共同梦想的小朋友。大家从相识、互相了解，到最后共同领悟奇轮魂的真谛，击败毁灭战神，化解奇轮星的危机。在一次次的战斗过程中，小朋友们学会了相互理解、团结友爱、永不言败的精神，明白到只要付出努力，就能得到成功的真正意义。
一场全球性地质灾难使得大陆处于割据状态，由不同的武装集团占领。大陆相对繁荣的萨科城被优人军阀攻占，萨科城北部为北域，西部为西庭，还有其周边五大城市原住民联合组织的五城联军，多方各自为政。由贺将带领的东邦小队与优人正面对抗，引起了多地势力的注意。与此同时，各地冲突不断升级，贺将被迫卷入激烈的斗争中。
