故事发生在上世纪七十年代初期。上山下乡运动如火如荼，庄会生（史天庚 饰）因暗恋叶晓帆（王媛可 饰），偷改志愿，结果事与愿违，独自去了陕北，而叶晓帆、乔海洋（张译 饰）等人则分配到东北建设兵团。纨绔子弟段军对叶一见倾心，但叶只对海洋有好感。范学东（刘向京 饰）心胸狭窄，一次次给开朗乐观的海洋下套，但都被大嘴连长（程煜 饰）解围。刘北上（王桂峰 饰）与海洋亲如兄弟，他喜欢上郑红梅（沈傲君 饰），而红梅暗恋的却是乔海洋。叶晓帆对段军的骚忧防不胜防，为此海洋与他大打出手，但最终晓帆还是落入段军设下的圈套，被其强奸致孕，自杀时被招工回城的庄会生救下，闻讯后的乔海洋彻底绝望......
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
宁夏（蒋梦婕 饰）在网络上化名“小红豆”，结识了网名“树洞”的男子，聊得十分投机的两人之间产生了真挚的友谊，小红豆还在机缘巧合之下成为了树洞的救命恩人。实际上，树洞的真实身份正是宁夏的上司赵丹桥（丹尼斯吴 饰）。当得知这一真相后，对树洞早已经芳心暗许的宁夏决定将这份感情默默的埋藏在心底。宁夏找到了自己的表姐宁馨（吕佳容 饰），希望后者能够代替自己同树洞见面。与此同时，赵丹桥渐渐喜欢上了善良温柔的宁夏，两情相悦的两人终于走到了一起。可是，在这个节骨眼上，宁馨却因为贪图赵丹桥丰厚的家底而企图破坏他和宁夏之间的感情。
该剧延续了前两季的主线，讲述了李天腾与赵小宝因为父母工作变动而不得不在高二最后一年转学到新的中学——白云中学。而在开学第一天，主角光环就让他们在学校引起了不小的风波。李天腾为重建新成立晨星X乐队和白云中学的乐队成员发生冲突，而技术宅赵小宝因为迷路重建校园网，结识了志同道合的学霸好友白晓俊。不同的个性、不同的背景、不同的生活习惯，一群人在学校里围绕同学情、师生情发生了一连串的小故事
