新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
在一个悠闲明媚的日子里，儒雅善良的读书人东郭先生牵着他的小毛驴边走边读手中的圣贤经典，甚是自在。这时，他的身后传来呼救声。那是一匹面目狰狞的狼，它正被猎人追捕，走投无路之际，恶狼请求东郭先生让自己藏在书袋中。善良迂腐的东郭先生拗不过这个家伙的请求，只得打开口袋让狼钻了进去。未过多久，猎人赶了过来，向东郭先生询问狼的去向。结果东郭先生指引了一个错误的方位。待猎人走远，恶狼从书袋爬出，却露出狰狞面孔要吃掉眼前的救命恩人。此时此刻，东郭先生悔之晚矣……
机智勇敢的龙宝们与邪恶大魔王展开了一段惊险刺激对抗，经历重重关卡解救了被愤怒烟雾控制的恐恐小镇居民们。
