小苞、劳拉和茱莉是三个非凡的10岁小女孩。她们过着看似正常的生活，然而，她们三人其实是在莓果情报局执行著名为”莓果小娇娃”的卧底工作，这是一个选上她们执行特殊间谍任务的秘密机构。这些女孩都以一种莓果的代号命名，机构负责人莓果小姐每集都会给她们一些小道具。女孩们必须时常去打击塔拉拜兹、艾伦幻影和葛莫跟翡娜绿拇指等反复出现的坏人的邪恶计划，在每集的最后反派们逃脱，于另一天又与女孩们战斗，之后一切又恢复正常。
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
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一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，著手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计画应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。
