神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
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拉贝尔大陆遭到外来星球帕拉尼的入侵，为了守护拉贝尔，驱逐帕拉尼的黑暗，拉贝尔的魔法少女雪城爱与帕拉尼的王子埃里克一同前往地球花千屿。在召回春、夏、秋三季的节气花信精灵后，他们却发现冬季的精灵已经受到黑暗影响，陷入混乱。雪城爱带领大家，寻找冬季节气花仙，希望能帮助他们摆脱黑暗，共同御敌。
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
