神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
武道初兴之时，恐怖的异兽入侵，人类武者节节败退。陆圣穿越而来，在梦中进入一万年后的世界：一万年后的基础炼体术，经过改版，效果是现在的几千倍！一万年后的呼吸法、炼体药方、武学圣典…… 让陆圣成为人类唯一的火种！
动物王国里三个性格迥异的小动物——善良但缺乏勇气和自信的猪小妹珠珠、憨厚的熊大哥贝鲁克、聪明顽皮的兔子唐杰，他们生活在温馨且充满欢笑的无忧小镇。然而黑狼德利的出现，打破了小镇的和平，为了救出被掳走的好朋友，三个好伙伴组成森林小分队，开启了黑森林的冒险之旅。
阿部晴明是一位害羞、爱哭、笨手笨脚的人类老师。
在数万年前，梦魔(ナイトメア)想统治整个宇宙，於是派出一大堆魔兽到处侵略。有一群爱好自由的人组成银河战士团与知对抗，不过梦魔的魔兽太多，战士们一个一个倒下了，生还的只有铁面骑士(メタナイト)一个，他相信新的星星战士一定会出现，所以一直活着在宇宙中流浪。他知道DEDEDE大王有魔兽下载系统知后，就成为DEDEDE的部下，因为有魔兽的地方星星战士出现的机率较大。果然新的星星战士－－卡比乘着宇宙船飞来了，但是他比预定的觉醒时间早了两百年，所以什麼都不知道，连说话也不会，不过有很强的战斗潜能。铁面骑士要梦梦(フーム)好好照顾卡比让他成长，以便将来跟梦魔对决。
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新的一年，灰太狼贼心不死，依然奔跑在抓羊的征途上。挫折过后，灰太狼从小灰灰那里得到灵感，研制出“衣柜互联网”试图从自家衣橱进入小羊的衣橱。他的研究取得成功，不过去在异度空间和一具奇怪的小衣柜撞上，而小衣柜正是派送各种衣服的快递员。据说只要爱护自己的衣物，并诚心诚意许愿，那么就会得到小衣柜送来的新衣服。为了帮助受伤的小衣柜回到互联网上，喜羊羊、美羊羊、暖羊羊、沸羊羊、懒羊羊齐齐动手要帮助他，在此过程中还结识了小衣柜体内的新朋友：软尺“皮皮”、洗衣板“转转”、织针“尖尖”、七彩线卷“小彩虹”、大嘴鸟剪刀“大嘴”、放大镜“大镜”。
故事发生北宇治高中，黄前久美子（黑泽知叶 配音）刚刚踏入校园，对于未知的高中生活，久美子充满了憧憬。加藤叶月（朝井彩加 配音）是久美子的同级生，在叶月的极力劝说之下，耳根软的久美子在半推半就之下加入了学校的吹奏乐部。曾经，吹奏乐部有着十分辉煌的历史，然而，在换了顾问之后，吹奏乐部渐渐落寞，如今，音乐老师泷升（樱井孝宏 配音）作为新的顾问新鲜赴任，他对重振吹奏乐部，进军全国大会有着极大的信心。个性乐观开朗的川岛绿辉（丰田萌绘 配音）、理智冷静的高坂丽奈（安济知佳 配音）、大姐头田中明日香（寿美菜子 配音），在这些前辈们的陪伴和指导之下，久美子快乐的高中生活就此拉开序幕。
