空军飞行部队模拟舱内，刘禅与赵宇航作为本届学员中的佼佼者，展开了部队模拟战“第一机长”之争，却不料两人因战术分歧造成失误并得到回炉重造的惩罚：在限期内，两人必须带出两支能打胜仗的全新队伍，否则他们将面临被开除的危险。可是，这届队伍也太难带了，更难的是，还要挑战女中豪杰学院第一女机械师——桃夭夭!
第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
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在第二季中，法国侦探Julien Baptiste将调查一起新案件——Sam Webster（David Morrissey）和Gemma Webster（Keeley Hawes）的女儿Alice Webster（Abigail Hardingham）2003年在德国一座城市被人绑架，11年后有人看到她在同一座城市的大街上流浪。她的回归在当地社会引发一场地震，她的家人也陷入混乱。警方重启了案件调查工作，再次对绑匪展开搜捕。与此同时，Alice可能掌握着另一名失踪女孩Sophie Giroux的关键信息，当年负责调查Sophie失踪案的正是Julien。两年之后，Alice的父母Sam和Gemma变得沉默寡言，Alice的兄弟Matthew则越来越暴力、越来越孤僻。另一方面，Julien跟踪一条线索来到伊拉克，他相信自己很快就能找到女孩绑架案的实施者。第二季和第一季一样有两条并行发展的时间线（过去和现在）。(cr 天涯小筑)
