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大门大意外地遇到了亚古兽,两人见面就大打出手,亚古兽战败后称大门大 为大哥,但是数码特搜部队(DATS)不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上,必需送回数码世界,而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗,大因此加入DATS,与淑乃及托玛组成小组,一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然,因此请假回到欧洲调查,发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼,也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界,他们见到了一个人类小孩——郁人,他自称数码兽,对人类怀有怨恨。
一千年前,血月当空,空间裂缝开启,怪兽时代降临!无数怪兽,肆虐全球,就在人类即将面临着彻底灭亡的时刻,兽魂师的诞生,给全人类带来了希望的曙光,伴随着兽魂师的一代代传承和发展,人类成功创造出了新的文明秩序来对抗怪兽的入侵!