香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
毕虎、陈思瀚、姜瑞涵和米多多是戏剧学院表演系的同学，四人怀着不同的理想相聚在上海。毕虎自信是天生影帝，被人们视为疯子；陈思瀚出身演艺世家，一直以优秀为本。瑞涵来自农村，就想着赚钱回去结婚；而多多只希望挨到毕业，保住学位。陈思瀚在班里有一个初恋女友叶俪，这个任性的富家女进大学就为思翰，为每分每秒了解他，很快和哥几个打成一片。大家共同经历了很多荒唐可笑的事，彼此的情谊也与日俱增。可事实上叶俪一直对毕虎很有看法，因为这个疯子总给陈思瀚惹麻烦。一次机缘巧合，叶俪偏偏被分到和毕虎一组做作业。起初二人的关系势如水火，但渐渐地毕虎用自己的方法解放了叶俪的表演天性，让她真正爱上了表演，而叶俪的情感天平也慢慢偏向了毕虎。毕业在即，大家要各奔东西，叶俪终于无法忽视对毕虎的情感和思瀚分手。命运将毕业后的众人推向了不同方向。毕虎为实现表演梦想，拼得伤痕累累；叶俪虽为当红新星，却仍受业内诸多控制。陈思瀚为获取名利，不得不服从黑手经纪人；而瑞涵和多多也在各自难关中奋力求存。在理想与现实的挣扎中，他们几经起伏，彼此扶持。多年后，众人作为嘉宾在电影颁奖礼上重聚，当他们回首往事，发现彼此深藏心底的那份感情其实从未改变
在上一季中，以果敢干练的作风和高超惊人的医术，人称 “Doctor X”外科医生大门未知子（米仓凉子 饰）在早已形同腐臭泥潭一般的帝都医科大学第三医院力挽狂澜，掀起前所未有的风暴。因在北海道马场冒险为一匹骨折的马做手术，未知子得到内科专家马渊一代（三田佳子 饰）的赏识，进而受邀踏入全日本顶尖医者云集的殿堂——帝都医科大学附属医院！此前不久，外科总负责人蛭间重盛（西田敏行 饰）曾亲手为医院的大金主——某地产大鳄二宫钦也（寺田农 饰）完成高危手术，谁知此番二宫癌症复发再度入院。第二外科主任海老名（远藤宪一 饰）携团队积极备战，配合蛭间迎接新一轮的手术。而马渊所率领的内科则就治疗方式上与外科产生严重分歧和对立。未知子的到来，无疑使双方的矛盾趋于白热化…
