《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
本剧讲述超级飞侠继续从全新的超级空间站出发，升级为电能超级飞侠，前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并用升级电力技能帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在哈尔滨冰雪节，他们用高超的电能技能阻止了金小子、金小薇造成的冰雕骚乱；在澳大利亚的伍伦贡，他们通过时空旅行穿梭到恐龙时代，和翼手龙宝宝一起练习飞行；尽管困难不断，但电能超级飞侠会用炫酷的新技能、新装备，继续圆满地解决问题。
大崎娜娜（朴璐美 配音），心怀音乐梦的朋克女青年，曾在家乡和男友本城莲（木内秀信 配音）、好友高木泰（川原庆久 配音）、寺岛伸夫（关智一 配音）合组乐队Black Stones，后因莲被当红乐队Trapnest挖角到东京发展，二人被迫分手。时隔两年，娜娜也决定前往东京， 找来泰和伸夫重整Black Stones旗鼓，誓要和莲的Trapnest一拼高下。小松奈奈（KAORI 配音），永远沉浸在恋爱梦中的不靠谱小镇姑娘，因男友远藤章司（高桥广树 配音）到东京求学备受异地恋煎熬，而今终于有机会移居东京陪伴章司。两个名字发音同为“nana”的女孩相遇在去往东京的新干线上，又十分凑巧地看重同一间“707”号公寓，二人决定合租。
