《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
在一个悠闲明媚的日子里，儒雅善良的读书人东郭先生牵着他的小毛驴边走边读手中的圣贤经典，甚是自在。这时，他的身后传来呼救声。那是一匹面目狰狞的狼，它正被猎人追捕，走投无路之际，恶狼请求东郭先生让自己藏在书袋中。善良迂腐的东郭先生拗不过这个家伙的请求，只得打开口袋让狼钻了进去。未过多久，猎人赶了过来，向东郭先生询问狼的去向。结果东郭先生指引了一个错误的方位。待猎人走远，恶狼从书袋爬出，却露出狰狞面孔要吃掉眼前的救命恩人。此时此刻，东郭先生悔之晚矣……
故事发生在唐朝末年，时局动荡，无论朝中还是民间都人心惶惶。隶属于官府的神秘组织“不良人”全体失去了踪迹，同样下落不明的，还是价值连城的国库宝藏。传说中，一切的秘密都隐藏在龙泉剑上，得到了龙泉剑的人，便拥有了掌控天下的能力。
